Конечно, можно)
На самом деле вовсе не обязательно коммутировать всё таким образом. Практически никто из моих студентов так не делает.
Если у Вас нормальная, современная веб-камера, то её микрофон вполне адекватно всё улавливает и передаёт. Т.е. можно всё скоммутировать одним из двух способов, которые вы описали,
а можно не делать этого вообще. Нужно будет всего лишь отстроить баланс, чтобы голос и гитара были на одном уровне громкости.
Да, иногда возникают проблемы с шумами, но как правило если есть гарнитура у одного из двух собеседников, то обычно всё проходит гладко.
Вообще самый основной нюанс при работе по Скайпу - это то, что преподаватель не может поправить студента прямо во время его игры. А только после, когда канал разгрузится.
Нужно просто поддерживать формат диалога. Т.е. всё делать поочерёдно. В общем простая дисциплина)