Интересная тема.
Мой преподаватель советует сравнивать музыку с цветами. Например аккорд До-мажор это красный цвет. Вот так вот сидеть играть какие нибудь тональности и сравнивать с разными оттенками.
Сам я сначала пользовался табулатурами в гитар про, но сейчас хочу постепенно от них избавляюсь. Разучивать ноты на грифе я придумал вот как: Сначала запоминаешь где находятся ноты с интервалом в пол тона, это ноты СИ,ДО и МИ,ФА соответственно, а от них уже считать легче. Я уверен что ноты для басиста очень важны, в отличии от гитариста. Насчет мышления ничего сказать не могу, мне просто хочется сидеть играть не задумываясь. Иногда у меня получается что то стоящее, но чаще полный фаршмак. Джон Патитуччи сказал что надо помнить о своих корнях, поэтому надо изучать джазовые\блюзовые композиции. Еще помогает мастер классы известных басистов Пасториуса, Патитуччи, Вутмена, Фли, Хумма, но к сожалению на русском их мало.