я вот подумал... есть проги которые сохраняют свои настройки не в корневой папке, а скажем в "мои документы". Ты удаляешь прогу, а настройки сохраняются и то же самое. Возможно в этом проблема?
... и добавил:
хотя если проблема сразу в двух программах...