Не, так
Гитара -> Звуковуха -> комп
контроллер -> переходник -> опять комп
контроллер звук вообще не обрабатывает, а только передает компу инфу о нажатых кнопках и положении педалей, звук обрабатывает комп
И чем эта "правильная" схема отличается от моей, неправильной?! Тем, что я по имени все назвал?
И, если уж придираться до конца, в данном случае комп принимает по USB уже обработанный (переведенный из аналога в цифру) сигнал, а оцифровка (обработка) идет в звуковой карте.
А насчет влияния на звук - любые устройства USB, а тем более больше 2, способны образовать земляную петлю и начать фонить по 50Гц. Тут желательно оба устройства - звуковую плату и контроллер включать в общую колодку с приличной землей.