Тембр инструмента формируется как раз самим инструментом -> усилитель.
Дополнительная эквализация нужна для создания хорошего микса. Вырезая лишнее у одних инструментов, другие начинают звучать, т.к. пропадают конфликтующие частоты. Если в звуке все устраивает - лучше уже не сделать, лучше микс не трогать. Если кажется, что что-то не так - надо подумать, что же хочется от микса(например: "мии, хочу более модерновые гитары и лязгающий бас", - и вырезаем\прибавляем соответствующие частоты), если не знаешь, как это сделать - вручную эквалайзером ищешь нужную частоту(можно еще помочь себе анализатором спектра). Так что, тут, как мне кажется, конкретики рассказать много не получится, все довольно индивидуально. Универсальных настроек нет даже для одной и той же связки гитара+усилитель.