Сам с Cubase не работаю, пользуюсь Sonar, но принципы работы секвенсоров схожие.
1. Есть файл проекта, а есть папка с аудио-файлами проекта (возможно, но не точно - это галка "Папка Пула" и галка "Вставить в Пул").
2. Нужно экспортировать не один канал Stereo Out в MPEG Layer1, а разделять каналы и делать экспорт в wav файлы.
3. Возможно это вообще не то меню - нужно не экспортировать аудио, а найти что-то типа "записать проект как" или "перенести проект".
4. Про звук. Качество записи и воспроизведения зависит от "посадки" отдельного трека в микс, т.е. отдельная партия может звучать хорошо, но в миксе - плохо, и наоборот. Для "посадки" нужно использовать эквализацию. Кроме того, воспроизведение микса и отдельного трека может осуществляться через разные группы (если, конечно, ты используешь группы). Посмотри настройки посыла-возврата в каждом треке и в каждой группе. Ну и какие эффекты, настройки в группах есть.