Я полагаю что человек настраивает 6-ю по тюнеру, потом двигает седло до того как на тюнере покажет МИ, и на этом считает что настроил.
После каждой манипуляции с седлом, настраивайте 6-ю открытую и только потом проверяйте что у вас на 12-м показывается.
Когда вы двигаете седло, струна либо натягивается, либо опускается, обязательно подстраивать надо на открытой, перед проверкой на 12-м ладу.
PS
Флажолет от открытой отличаться то ноте не будет, всегда будет разница в октаву.