А есть ли у вас возможность покупать напрямую в США? Это будет дешевле, чем то, что у вас.
Прежде чем растачивать порог, проверьте его - возьмите старую струну и вложите в паз. Подвигайте туда-сюда - свободно ли ходит? И да - грифелем карандаша хорошенько натрите пазы верхнего порожка и седла бриджа. не жалейте - звуку это не вредит, лишний грифель осыпется - просто его сдуйте. Сделайте такое для каждой струны.
Что касается тюнера - вы уверены, что правильно настраиваете ноту, а не на октаву выше? Найдите в интернете онлайн тюнер, который воспроизводит звук открытых струн и проверьте.
Вы писали, что было два случая обрыва струны - оба раза это была первая и рвалась на колке. Проверьте колок на заусенцы, а края отверстия на то, не слишком ли острые кромки - например, по сравнению с колком второй струны (там ведь обрывов не было, верно?)
Сделаете - отпишитесь. Хотя, думаю, что в этой Ямахе все должно быть в порядке, но мало ли.