На электрике что-то похожее было. И тоже только на 4 и 5 струнах. Долго не мог понять в чем дело. Оказалось, звук шёл от анкера.
Попробуй приложить некоторые усилия, только без фанатизма, к голове грифа (покрутить по оси). И посмотри, как будет изменяться звук. Если проблема временно исчезнет, то оно.