Ну, вы даёте! Гитара - нетемперированный инструмент. При настройке по 12-му ладу высить на первых ладах будет неизбежно. Плюс к этому, при настройке по аккорду A, к примеру, аккорд D чисто уже не берётся. "Never possible", как выразился Стив Вай. Ситуация может усугубиться чрезмерно высокой установкой порожка/топлока, в то время как гитары с нулевым ладом страдают от этой проблемы менее других.
А вообще, это большая тема отдельная. Правда, особенно она актуальна для игры в больших джазовых составах, где играя с тенорами мы постоянно завышаем, а на верхах - занижаем. Вот там это гемор. Есть, кстати, рекомендация Эрика Джонсона - настраивать G по тюнеру, более тонкие струны с небольшим завышением, более толстые - с небольшим занижением. Ну и плюс earvana - тоже неплохой вариант.