Колки на стабильность строя практически не влияют. Влияет способ намотки струн на колок, не должно быть 100500 кривых витков. На тонких струнах лучше вязать узлы, я просто продеваю свободный конец в отверстие колка еще раз и затягиваю. Витков на тонких струнах получается вдвое меньше.
Еще стоит посмотреть состояние пропилов в верхнем порожке и помазать их на кончике зубочистки графитовой смазкой. Описано в статье Холстинина "укрощение стратокастера". Также как и в порожке микроскопическим количеством количеством графитки стоит помазать место контакта струны и седла бриджа.
Струны надо настраивать всегда вверх, т.е. если струна высит, то ее надо сначала отпустить, а затем тянуть вверх до нужной ноты. Если ее просто опустить, строй уедет после первого же бенда.
При замене струн для ускорения "усадки" струн полезно оттягивать струну в плоскости, перпендикулярной плоскости грифа, на манер тетивы лука, но осторожно, сдуру струну можно и порвать. После замены струн если без оттяжки строй стабилизируется в течение нескольких часов, если с оттяжкой, то весть строй приходится один раз поправить примерно через полчаса игры.