Инструкцию читай! Там все расписано. Как отличить отверстие от просто круга, который должен остаться как рисунок? Крест 1х1мм толщиной 0.1мм по центру каждого отверстия. Отверстия могут быть и фигурные, фрезер это возьмет без проблем.
Оставлять на откуп конторе не надо. Надо контролировать все и вся и исключить человеческий фактор.