Микрокап же смотрит чисто теоритически... Я лично не работал в модулирующих прогах, но вроде как ориентироваться на них стоит только когда речь идёт о цифровых схемах (ибо там тупо логика, для компа самое то). Для аналоговых всё очень приблизительно (там и расчёты и физика сложнее). Программа же неможет учесть особености корявого монтажа, внешнии помехи и пр. Вот и получаются расхождения.
ИМХО конечно, пишу то, что сам гдето читал.