Андрей Костин, если оборудование позволяет и кабели есть, всегда стоит использовать балансное соединение. Существование небалансных соединений между аудио оборудованием есть в основном историческая нелепость. Ну и у гитар небалансные выходы, поэтому гитарное оборудование для «удобства» тоже небалансную коммутацию в основном имеет, хотя с цифрой и проще.
Балансные соединения более устойчивы к помехам. Если оборудование сделано правильно (что, правда, не факт), то балансное соединение позволяет избегать проблем с земляными петлями. XLR - лучше разъём, чем джек.
Сам по себе звук меняться не должен, но во всяких микшера чаще всего XLR подсоединён к микрофонному преду, который может его (звук) портить. Микрофонные преды, срущие в звук - это модно и утончённо, этим положено восхищаться, охать, ахать, и радоваться, если ты не какая-нибудь деревенщина.