Vanech, Ну, да. Я думаю все будет работать. Просто если Вы используете нюх как звуковуху, то его входы/выходы в этот момент и работают. Те, что на компе забудьте.
И Вам надо с гарнитуры, как то разделить выход микрофона в input, ну и наушники в headphones. Ну или использовать отдельные микрофон и наушники.
Если в самой программе видеосвязи нет настроек аудио, можно в виндоусе выставить по умолчанию, устройства ввода/ вывода.