Ну глобальных секретных отличий нет. Просто при проектировании головы, любой вменяемый разработчик, что фабричный, что самоделкин, рассматривает звук в целом, то есть как будет звучать конкретно этот преамп конкретно в этот оконечник. Может увеличить отдачу по басам например намеренно, заложить тот-же самый пресловутый перегруз оконечника в итоговый звук, ну и еще всяческие мелочи, про это лучше в крафт идти
Отдельно преамп и оконечник собственно лишены зачастую такой вылизанности относительно другу друга, но это решение вариативнее, если часто требуется смена разного звука. Ну там нужен и фендеровский клин, и маршаловский кранч, и енгловский лид, и меса чтобы жирком полила, и всё это через трек
Собственно вот вроде все плюсы и минусы, что для кого важнее(и на что финансов хватает) каждому решать всё равно для себя отдельно. Тру лампа и там и там