Педаль в начале цепи работает как ручка громкости на гитаре (как уже и писали), то есть регулирует гейн, а в конце цепи будет регулировать громкость. Насколько я знаю, у педалей вначале и в конце цепи должно быть разное сопротивление, что-то типа вначале пот на 250кОм, а в конце на 500

Советую особо не заморачиваться с тру нетру байпасами, чаще всего в реальных условиях концерта насрать, что там где-то частотки какие-то подъедаются, на записи критично, да и то можно эквалайзером нормализовать...Некоторые перегрузы по разному себя ведут, в зависимости от положения в цепи, но тут больше дело вкуса, слушай сам, меняй порядок, делай как нравится...
