Была такая ситуация, 2 дня мучился с настройкой 6 струны (только у меня еще флойд

, кто знает тот поймет).
Я и седла местами менял, и струны поднимал-опускал, хорошо ума хватило ничего не пилить-точить, хотя уже руки чесались

Потом настроил так, что бы отклонение было минимальным и не сильно резало по ушам, расстроился, конечно, думал косяк в инструменте.

Еще через три дня проверил - все встало как надо, прям идеально, как и на всех струнах

Думаю, это проблема новых струн, потому-что такое сейчас происходит каждый раз при смене струн.
Струны 10-46, может быть с другим калибром будет по другому - не пробовал.