Я догоняю 2 возможные причины:
1. Я подобное видел на одной аккустике, там нижний порожек неправильно располагался (от 0 до 1 лада растояние было меньше чем от 1 до 2). Может у тебя лады не совсем правильно стоят, хм, но тогда бы и на других струнах глюк были.
2. Может 6-я немного дребезжит или звучит так (много может быть причин), что кажется, что в унисон, а на самом деле нет. Например если струна резонирует достаточно громко на некоторых частотах кроме основной (у меня например на основной и на немного более низкой). Тогда ты настраваешь в унисон этот "добавочный звук" так как его тоже слышно громко, а когда проверяешь 6 струну открытую, то слышишь основной звук.