Был у меня такой смешной случай. Ученик сказал, что у него есть гитара, которая дико не строит. Ученик толковый, но ничего сам не смог понять, притащил мне. Оказалось, что это гитара с нулевым ладом, но струны на нулевой лад не опирались, а висели на порожке. Потому что какой-то урод сточил нулевой лад, до уровня всех остальных!. Это такая система - верхний порожек имеет прорези для струн, но сами струны опираются на вбитый сразу за порожком лад, но, конечно, если этот лад убрать, всеь строй к собачьим синьям уходит.
Еще один случай нестроевича - слишком большое расстояние от грифа до струн. Пока придавишь струну к грифу, ты ее слишком сильно натягиваешь. Особо актуально для металлических струн.
Короче, не парься, дуй к мастеру... Даже если и поймешь причину, скорее всего, напортачишь в процессе ремонта.