А мне почему-то казалось (если в очень примитивной форме это представить), что в таком случае сначала кабель разделяет сигнал, а потом в усилителе обе половинки снова соединятся и никакой разницы тогда действительно не должно быть.
Я лично в один вход включаю гитару, а второй использую как выход на тюнер.