Лучшего (хоть и трудоемкого) способа, чем шкурка не знаю. Всякая химия на гитаре может сказаться негативно. Фен и шпатель - нужен опыт, ибо шпателем можно повредить дерево не очень умеючи.
Так что старый добрый брусок, обернутый шкуркой, а на "рогах" - круглая деревяшка, обернутая той же шкуркой. Пятна, скорее всего, образовались из-за того, что дерево было не очень ровное по структуре (разные куски, разная плотность). Под краской этого не видно, а вот под воском (маслом) будет заметно. Так что надо еще подумать и насчет этого.