Так бывает только когда струна цепляется за соседний порожек. Если все остальные струны строят нормально, а эта нет, то проблему надо искать на протяжении этой струны. Пусть автор флажолет возьмет над 12 ладом, его тональность должна быть такая, как на открытой, а проще неси мастеру - пусть он голову ломает.