Надо правильно отрегулировать высоту струн над грифом, подпилить верхний порожек, проверить и отрегулировать нижний, чтобы на 15-17 ладу 1-я струна была на расстоянии 1,6-1,8 мм над ладами, 6-я - 1,8-2,2 мм. Это вполне достижимый результат на исправной гитаре. Тогда и строить в позициях гитара будет намного лучше.
... и добавил:
В случае с топ-локом, похоже он высоковато стоит, и над 1-м ладом большое расстояние до струн. Получается приличное дополнительное натяжение струны при её зажиме, вот гитара и завышает в позициях. Дальше к середине грифа этот эффект менее заметен, там строй "выправляется".