Вот пытаюсь понять "физику процесса". Извините, если что не так.

Получается, что через усилитель "странности" исчезают. Но ведь в твоей гитаре стоит скорее всего пьезо звукосниматель. И он снимает колебания прямо с корпуса.
Тогда то, что ты слышишь на неподключеной это - чисто акустический эффект, который почему-то через корпус на датчик не передается. А пьезо-датчик ОЧЕНЬ чувствительный. Ты можешь даже попробовать попеть в гитару и тебя будет слышно в колонке

Значит, колеблется (или резонирует) что-то
ВНЕ (ключевое слово) корпуса гитары?
Может, у тебя что-то в комнате висит (лежит, стоит), резонирующее с твоей гитарой?
А может это свойство помещения вообще, и дело вовсе не в инструменте?
Пробовал играть на неподключеной еще где-то?