во-первых для пониженого строя ставятся более толстые струны, во-вторых есть такая штука, как компенсация верхнего порожка. Если верхний порожек (нулевой лад) приподнят выше чем надо, то при тонких струнах при пониженом строе при зажатии на первом ладу получается что-то вроде бенда, то есть струна подтягивается больше чем надо. Чаще всего третья струна тянется намного лучше из за меньшего натяжения. Об этом гдето на одном гитарном сайте было более подробно.
Чтобы избавиться от этого эффекта, надо опускать верхний порожек. Однако если струны дребезжат об лады, то это не поможет. Поэтому только более толстые струны, чтобы восстановить нормальное натяжение для гитары при данном строе.