сложно сказать, не видя, как что спаяно, не зная какие датчики и т.д.)
В сеймурах я не особо разбираюсь, вполне может быть, что катушки разбалансированы (как часто встречается у Dimarzio), у них будет разный выхлоп.
Насколько сильная разница по звуку? что-то мне кажется, что там на самом деле одна только работает, и просто корпус резонирует, когда по второй стучишь.