kinoman, Ну так ты ж одну и ту же ноту тогда на разных ладах, берешь, то есть и длина струны получается разная, что тоже должно влиять.
Вообще чтобы это проверить, нужно поставить на одну гитару два комплекта одной марки разной толщины, и сразу на свежих струнах записать семплы. Просто если ты юзаешь комплект одной толщины, а потом переходишь на другую, то ты помнишь, как звучала гитара только что, с уже изношенными струнами, а как она звучала с новыми струнах предыдущей толщины, вряд ли.