Это стандартная проблема многих звуковых редакторов, при обрезке клипа в месте где обрывается волна с большой амплитудой (в твоём случае прослушивается обрезаный реверберационный хвост), появляется щелчок. Решается просто - в тулбаре есть кнопочка в виде таблицы Snap to gride(N), правее от неё стрелка, при нажатии выводится диалоговое окно. В нём выставе галочку Snap to Audio Zero Crossings, и проблема решена. С помощью этой функции Сонар находит самое близкое нулевое положение волны и делает обрезку.