Ddegra, сделай включение автоматизации не в начале такта, а до нужного куска. этот щелчок из-за несовместимости атак (с изменением высоты тона изменяются и его временные характеристики), то есть из-за неплавного повышения-понижения.
был еще какой-то способ решения (сам сталкивался), но не могу вспомнить.
p.s. аудио не слушал.