Krage, смотри сюды, контейнер это ави, мкв и т.п. Т.е. тип файла, который будет на выходе. Параметры сжатия видео- и аудио-потоков устанавливаются отдельно. Т.е. в ави можно запихать мпег-2+ац3, а можно дивх+мп3. С матрешкой еще больше извращаться можно - она и авц, и аас поддерживает.
Последняя версия супера сохраняет файл в папку с исходным, хотя можно и перестроить.