Из моего опыта что может быть...
1. Проблемы с размером ладов. Особенно раница 0 и остальных порожков. А также очень старые вытянутые струны.
2. "Патологический слух"

привыкший к жужалову примочек. Подсознательно вместо унисона ищешь немного схорусированный звук... Лечится сравнением своего строя с тюнером. Постепенно научишся.
3. Иногда не во всех диапазонах человек хорошо слышит. B.B. King жаловался, что плохо слышит нижние ноты, но это тоже сравнивать себя с тюнером.
Вообще есть понятие "чистить звук". Скрипачи этим регулярно занимаются. Возможно нужно просто почистить слух...