По сабжу... Не скажу за 96 kHz, выскажусь по поводу 24 vs 16 bit и 48 vs 44.1 kHz.
Для Ogg Vorbis (и для mp3, скорее всего, но с mp3 я знаком меньше) нет никаких проблем кодировать материал в 48 kHz без конвертации в 44.1 kHz. А вот реально 44.1 требуется для создания CDDA. По этому до тех пор, пока жив аудио-компактдиск, частота 44.1 останется актуальной. Стандарт же DVD-Audio предусматривает множество форматов материала, начиная с CD-quality (44.1 kHz, 16 bit), и до 192 kHz / 24 bit, включая промежуточные комбинации (например, мой любимый 48 kHz / 24 bit).
Что касается 16 или 24 bit. Кодер Vorbis (думаю, можно сказать, что mp3 тоже, например LAME) на начинает свою работу с того, что переводит исходные данные в формат 32 bit float. По этому с любой разрядностью правильный кодер работает одинаково хорошо, и дополнительная информация, содержащаяся в 24-bit материале, используется по назначению.
Следующий аспект: я упоминал 48 kHz. Что хорошего в этой частоте? Это основной стандарт на PC. Как правило, программные микшеры, являющиеся частью звуковой подсистемы ОС (в задачи которых входит обеспечение одновременного проигрывания звука несколькими приложениями, даже если физически звуковая карта способна проигрывать только один поток в одно время), работают на 48 kHz. Запросы приложений-клиентов на проигрывание потоков с другой частотой (скажем, цифрового CD-плейера: он хочет 44.1) требуют тогда программного повышения частоты дискретизации звука с 44.1 до 48 kHz (upsampling). Современные алгоритмы upsampling'а дают очень качественные результаты, хотя понятно, что они обязательно вносят искажения. По скольку большинство ОС ныне работают по такому принципу - за преобразование частоты дискретизации отвечает сама ОС или низкоуровниевые сервисы, которые на выходе всегда имеют звук частотой 48 kHz - одно время бюджетные звуковые интерфейсы (карточки, или встроенные в материнскую плату чипы) вообще не поддерживали, кроме 48 kHz, ничего.
Т.о. на компьютере (немного) лучше звучит 48 kHz-запись, чем 44.1, включая использование форматов mp3 и vorbis. При записи на CD конвертация в 44.1/16-bit неизбежна. 24 bit'а вместо 16 ничем не вредит.