Alexhangman,
Ну VST плагинов когда много, может быть все что угодно. И еще проблема может быть с папкой плагинов самого Amplitube, поэтому установочную папку тоже стоит указать другую.
И проверить во Фрутях нужно на чистом проекте. Вот тогда будет более понятно, кто же виноват, и что делать.