С глюками выравнивания клипов ни разу не сталкивался. Может, слишком мелкая сетка выставлена для "примагничивания"?
да какую ни ставь, просто не замечал наверное, это заметно только по цифрам в клип инспекторе, где указан начало/конец клипа, аудио-клипы вавки обычные если на дорожке корректировать то часто такая жопа. но это даже не видно пока прям в упор не приблизишь на самый максимум..
несколько лет собственно у меня даже подозрения не возникало что что-то не так, пока не встретилось где-то что два клипа шли одинаковых (дорожка дублирована) с разными обработками и внезапно почему-то в каком-то месте начала возникать комб-фильтрация. оказалось дорожки слегка сползли одна относительно другой.
кстати бывали еще интересные глюки как громкость у двух дорожек по всем настройкам совершенно одинаковая но одна из них на 1.5дб громче чем другая, при том что обе нормально настроены моно или стерео (проверено на сто раз), без плагинов, и пре-гейн и уровень совершенно идентичный, вот две голые дорожки совершенно и настройки просто скопированы, выход на одну и ту же шину (мастер), всё идентично. а громкость разная. мне так и не удалось вернуть "глючную" дорожку к тому уровню который должен быть, перекопав просто все настройки, даже при вычитании в противофазе показало что громкость отличается ровно на 1.5дб, пришлось удалить ее нахрен а содержимое перетащить на другую.
еще бывали дорожки с необъяснимой задержкой, там же есть компенсация задержки. после каких-то плагинов она изменилась, но потом плагинов уже не было, а задержка на дорожке все равно осталась, и точно так же две дорожки рядом, одна с задержкой идет, никакие настройки ничего не помогают. и это не отключенная компенсация PDC или как ее там, для тех треков которые мониторятся, все было точно одинакого и при этом одна дорожка имела заметную задержку. опять же пришлось удалить.....
или миди клипы когда редактируешь, из длинного делаешь более короткий - частенько можно словить зависшие миди-ноты, и даже если ноты квантованы на 100% по сетке и в свойствах нот четко написано что старт допустим на 1.2.0.000 или как там, короче нота начинается идеально ровно на стартовый бит, все равно когда сокращаешь миди клип до ровно этого места, (чтобы потом допустим сделать грув-луп из него) - первая нота может пропасть.
так же с этой хренью неровностью по сетке. да, там разница типа на 0.015 бывает или даже меньше, даже на 0.005 допустим. будет видно только если приблизить до самих сэмплов 44.1кгц. но если сделать грув-клип и он окажется вот на такое количество не верным, то потом растягивая его на весь проект скажем минут на пять, конец может уже на пол-ноты мимо сетки вылезти, так что это критично на самом деле, не только с точки зрения перфекционизма....