Niketko, втыкаешь гитару в звуковуху, открываешь свой хост (ну программу, где можно писать и обрабатывать аудио - здесь вариантов 10500, начиная от Reaper'а с Nuendo и заканчивая Samplitude или там Adobe Audition),
и на дорожку, где будет записываться гитара, вешаешь свой Guitar Rig - как VST-плагин, к примеру. Потом записанное рендеришь (цифруешь, или делаешь миксдаун) - вот тебе готовый, "записанный" из-под Гитаррига файл, уже обработанный.
Проблема с шумовыми артефактами, конечно, сложно диагностируется на дистанции, слишком много компонентов, от которых это зависит. Здесь нужно просмотреть - всё ли в порядке с электроникой в инструменте, с коммутацией, нет ли где излишних каскадов усиления (типа педаль-дисторшн с полным гейном , то же самое на эмуляторе усилителя), ну и т.д. и т.п.