Тушканчик Бургузинский,
Дык так каждый раз по идее и надо делать, каждый раз при создании проекта тебя спрашивают куда будем записывать данные - создавай новую папку и указывай например MyProject. Уже внутри этой папки MyProject появятся папки Audio и Images, соответственно для самих файлов Wav и их изображений в кубике.
Каким образом ты удаляешь файлы? - Нажимаешь delete и все? Вообще все файлы которые записываешь заносятся в пул проекта - Project - Pool, либо просто Ctrl-P. Если ты основного окна программы удалил - то твои записи помещаются в корзину пула. Удалять из корзины - правой кнопкой - Empty Trash. После этого тебя спросят каким образом удалять, либо просто удалить из пула, сохраняя записанные файлы (remove from pool), либо уничтожить файлы с диска (erase). В нижней строке пула можешь видеть сколько файлов в твоем проекте, сколько используются, и какой размер они занимают на диске.