Сводите в Wav, не используйте никаких mp3, если файл нужно обратно в проект вставлять!
При экспорте в WAV можно галочки отметить Pool и Audio Track, тогда он сам собой импортируется на отдельный трек автоматом, очень удобно.
Причина разной длины в принципе кодирования mp3. Звук в таком формате сохраняется как бы пакетами. Каждый отдельный пакет поделить нельзя, можно разрезать только кратно длине этих пакетов. При разном битрейте длина пакета различна. В файле с плавающим битрейтом вообще все длины пакетов разные в пределах одного файла. Так что смикдауненный трек по длине округляется до ближайшего возможного значения длины. Рассинхронизации не будет, просто будет хвостик в конце не совпадать.