Не просто сигнал слабоват, так главное у линейного входа еще и сопротивление маленькое. Представьте ситуацию: гитарный датчик индуцирует слабое напряжение на выводах обмотки, вы его подключаете к линейному входу, у которого сопротивление низкое (обычно 10кОм). Получается, что и без того слабое напряжение шунтируется на это сопротивление. Часть мощности пропадает, сигнал на атаке не может подскочить "в полный рост". В результате атака становится вялой, звук замыливается, становится мутным.
Ничего подобного не происходит, если втыкать гитару в инструментальные входы. Их сопротивление уже около мегаома. Сигнал записанной гитары будет с яркой динамикой и выразительной атакой.