Обычно динамический прямо в центр динамика ставят или чуть в сторону (по вкусу), а конденсаторным снимают или сзади, или спереди на расстоянии. Опытным путём находится наиболее интересное звучание.
Вопрос с фазой решается просто: либо заранее выставить микрофоны так, чтобы фаза совпадала (выставил микрофоны, записал кусок, увеличил волну в редактторе у обоих треков, проверил фазу, при необходимости подвигал конденсаторный микрофон, нашёл положение, где фазы совпадают), либо после записи в аудиоредакторе развернуть фазу, если она не совпадает. Но лучше заранее всё выставить правильно.