MadJackPirat, при низком уровне на входе звуковухи начинают сказываться шумовые характеристики АЦП, так как при нормализации вместе с сигналом усиливаются еще и эти шумы. При слишком высоком уровне будет возникать сатурация входа карты (что в общем то можно расценивать как насыщение гармониками, только нужно ли оно).
Таким образом нужно искать оптимальный баланс - если это уже перегруженная гитара, то тогда держи уровень -12~-6дБ, если более динамичная чистая гитара, то пониже - в районе -12дБ. Все это приблизительно осредненно, главное в крайности не бросаться. Зависит от конкретных предусилителей в карточке, насколько они красят, и приятно ли они красят. Уровень смотреть по показателям в софте.
Клиппинг, ясен пень, ни в коем случае не допускай