Kalmah, ты загружаешь миди-дорожку из дургой программы видимо, на ней остаются миди-контроллеры, которые могут изменять что угодно (сам звук, громкость, панораму и т.п.)
что бы вычистить все контроллеры проделай следующие операции:
выдели миди-партию и выбери в меню midi - functions - delete controllers
затем midi - open list editor, проверь нет ли там каких строчек кроме нот (особенно Program Change), все кроме нот, питча и модуляции нужно удалить