По первому пункту возникает вопрос: Какая саунд-карта?
А по второму пункту может эксперименты с 44 кГц и 48 кГц дают о себе знать

У меня такая проблема была, когда в Нуендо стояло 44 кГц, а в амплитюбе 48 кГц. А с mp3 лучше дел не иметь, wav forever, т.к. раньше тоже вставлял mp3 иписал на нее, а потом записанную дорожку подставлял к вэйву и они немного несходилсь разница в 4-хминутной теме была в 2-3 секунды, так, что только вэйв. Может в настройка стоит знающему покопаться.
И конечно актуален вопрос о саунд-карте
