Имхо ничего тут страшного нет. Если качественно сыграно и записано то можно все нормально получить. А для чего это может быть нужно - придумать можно кучу ситуаций когда это будет актуально. Если записано на комп в линию без каких либо исказителей, то тогда можно и с примочками всякими поэкспериментировать.
Насчет сопряжения, ну единственное - делать аккуратно. То есть сначала на минимум ручки, а потом постепенно громкость выводить, все таки у карты выход с предусилителем, там уровень сигнала выше чем от пассивной гитары.