Радио-наводки на гитару от карты уже не зависят, тут только отключение источника наводок поможет.
У меня например есть наводки от горизонтальной развёртки телевизоров, когда они включены, но они появляются только при подключении гитары.
Что касается щелчков, то желательно залочить проц на максимальной частоте т.е. отключить динамическое снижение частоты (EIST для Intel), кроме этого может помочь поиграться с отключением C-state`ов, искать в БИОС материнки.
А если щелчки в определённых, то это, случаем, не огрехи в монтаже треков (без фейдов)?