ножницами и есть самый простой и самый кстати качественный, просто муторный
погугли AudioWarp in Cubase, много видео-примеров найдешь, эта штука поможет быстрей выровнять все по сетке, но из-за программного сжатия\растяжения отдельных кусочков качество может пострадать
в кратце - щелкай по аудио-куску двойным щелчком, слева в открывшемся окне раскрой свиток AudioWarp, затем выбери Free Warp, щелкай на пиках аудио-волны (или на атаке, начале новой ноты\аккорда) и двигай эти пики к линиям сетки.
иногда на видео это называют Time Warp