А что у тебя в Нуэндо показывает? 3 варианта: Шины нет, StereoIn->Левый, StereoIn->Правый??? Разводи на левый и правый тогда свой дуал пресет, один с эффектом, другой ДИ, и пиши в нюхе, выбирая левый и правый каналы на входе. В принципе, для твоих потребностей, о которых ты изложил выше - будет достаточно.