Размер буфера и частоту сэмплирования можно менять только тогда, когда ни одна программа ничего не воспроизводит и не занимает звуковой драйвер. Драйвер любят занимать такие штуки как icq-клиент qip (в нем можно переключиться на другой тип драйвера для решения этой проблемы), причем бывает, что драйвер занят даже тогда, когда никаких звуков нет.
Подключать гитару в линейные входы не надо. Используй директ-бокс или гитарный предусилитель с линейным выходом, после них втыкай в микрофонный или в линейный входы соответственно. В противном случае ты получишь замыленный глухой звук без четкой атаки.
Гитару ты втыкаешь (фиг с ним что неправильно) в один из линейных входов, они обозначены как 3, 4, ... 8 (1 и 2 занимают микрофонные входы), поэтому программы по-умолчанию не слышат твоей гитары, т.к. "слушают" первую стерео-пару (микрофоны).
Для того, чтобы добавить скажем 3й линейный вход в кубейс проделай следующее:
Открой Devices - VST Connections - Inputs, нажми кнопку Add Bus - Mono, в столбце Device Port укажи 3й вход, добавь аудио-трек в проект, в свойстве In трека укажи Mono In. Дальше думаю понятно.
Что бы слышать линейные входы без загрузки кубейса, нужно разобраться в микшере карты и включить мониторинг в разделе роутинга. Если не разберешься - подскажу конкретно, только мне нужно будет знать какой ты используешь драйвер, их там 2 разных для этой карточки было.