em1k,
А поподробнее (что за хост/прога, итп.)?..
Просто гитара подключается в инструментальный вход, это один канал, при стерео-дорожке сигнал будет идти только с одного канала (который соответствует микрофонному или инструментальному входу), когда создаётся моно-дорожка и на неё назначается один из моно-входов, то и пишется моно, при воспроизведении панорамируется посередине (если панораму не трогать). Последний вариант и есть самый логичный, для стерео-дорожки надо чтобы на оба входа поступал какой-то сигнал.
Операционка может и не причём, проблема в недопонимании.