такое ощущение складывается, что вставляя в линейный вход тебе не хватает уровня сигнала, который ты в него подаешь... т.е. сигнал слишком слабый - попробуй в линию воткнуть только гитару, и ты получишь очень низкий сигнал, что у тебя и происходит... когда ты втыкаешься в микрофонный вход, то твой маленький сигнал усиливается встроенным преампом карты, и ты получаешь разницу в звуке. Следовательно скорее всего проблема в выходном сигнале педали. для начала проверь громкость на ней:) попробуй потыкать отдельно гитару и в линию, и в микрофон... сравни...